シャットダウンするのに時間がかかるのは、たいていの場合は、実行されているアプリケーションの応答がない場合です。この場合は、応答がないので強制終了するかどうかのメッセージが出るはずです。これ以外で終了が遅い（終了しない）のはパワーマネジメント（APM)のドライバがうまく動いていない可能性があります。HDDの故障ということはあまりないと思いますが、念のためバックアップをとった上でご相談ください。
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